单细胞cellranger质量评估工具

质量评估公式

Q = (G × C) / (D × S) × A × P_G × P_D × P_S × P_C

其中：

Q_base = (G × C) / (D × S) - 基础质量分数
G - 中位基因数
C - 细胞数
D - 测序量reads数
S - 测序饱和度
A - 公式系数，校正Q值大小
P - 惩罚系数，增加风险阈值

以下阈值默认不修改，仅和惩罚系数相关

基因数阈值 (G_min)

测序量阈值 (D_min)

饱和度低阈值 (S_low)

饱和度高阈值 (S_high)

细胞数低阈值 (C_min)

细胞数高阈值 (C_max)

公式系数 (A)

样本参数

测序量 (D)，每个细胞的reads数，如25000

基因数 (G)，每个细胞中位基因数，如1500

细胞数，如12000 (C)

测序饱和度，0-1之间，如0.3 (S)

质量评估结果

0.000000

等待计算...

问题诊断:

示例测试数据

点击下面的样本卡片加载示例数据并自动计算质量评分（页面会滚动到结果部分）：

好样本

D: 50,000

G: 3,000

S: 0.40

C: 15,000

中等样本

D: 28,000

G: 900

S: 0.50

C: 8,000

差样本

D: 50,000

G: 600

S: 0.9

C: 38,000

评估指标说明

质量评估规则：

细胞数(C)相同，基因数(G)越高 → 测序饱和度(S)越低 → 质量越好
基因数(G)相同，测序量(D)越低 → 测序饱和度(S)越低 → 质量越好
细胞数(C)合理范围内(5000-30000)质量更稳定 - 过高或过低都可能影响数据质量
测序饱和度(S)相同，基因数(G)越高越好，测序量(D)越低越好

质量评级标准：

好数据：所有参数都在理想范围内且基础分数越高越好
中等数据：一个参数低于/高于阈值
差数据：两个及以上参数低于/高于阈值

问题诊断：

测序量低于阈值：提示测序不足
饱和度低于阈值：提示文库覆盖不足
饱和度高于阈值：提示文库质量偏低
基因数低于阈值：提示基因不足
细胞数低于低阈值：统计效力不足
细胞数高于高阈值：数据噪声可能增大

惩罚系数：

P_G：基因数惩罚因子 (G ≥ Gmin ? 1 : G/Gmin)
P_D：测序量惩罚因子 (D ≥ Dmin ? 1 : D/Dmin)
P_S：饱和度惩罚因子 S < Slow ? S/Slow S > Shigh ? Shigh/S 否则为1
P_C：细胞数惩罚因子 C < Cmin ? C/Cmin C > Cmax ? Cmax/C 否则为 1

公式系数A说明：

用于调整基础质量分数的比例常数，默认为0.01
较高的A值会提高质量分数的绝对值，但不改变样本间的相对评估
调整A值可针对特定研究需求进行分数缩放